「いつでもどこでもシーケンシング」をOxford Nanoporeが実現

　今年の5月26日と27日の２日間に渡って、Oxford Nanopore Technologies (Oxford Nanopore)が同社のナノポアシーケンサーに関する製品や技術に関して研究者やユーザーと交流を行うLondon Callingコンフェレンス2016を開催した。今回のGOクラブでは本コンフェレンスでの発表の情報をもとにOxford Nanoporeの新製品と新技術を紹介する。

Oxford Nanoporeシーケンサーの性能が大きく進歩！

  Oxford Nanopore Technologies Ltd. (Oxford Nanopore) は、USBメモリー程度の大きさのポータブル・ナノポアシーケンサーであるMinION以外に、大規模配列決定を可能にするPromethIONの出荷の発表などで、大きな注目を浴びている。Oxford NanoporeのCTOであるClive Brown氏は、Google Hangoutを利用してOxford Nanoporeのシーケンサーに関する新しい進歩について公表した。今回のGOクラブでは、Google Hangoutを介して公表された情報とOmics! Omics!のブログ記事をもとに、Oxford Nanoporeシーケンサーの性能向上の概要をまとめる。

ロングリード・シーケンシングを可能にする10X Genomicsの新機種"Chromium"の魅力

　前回のGOクラブでは、10X Genomicsの新機種"Chromium"が単細胞RNAシーケンシングで優れた性能を持っていることを紹介した。10X Genomicsが昨年発売した従来機GemCodeが、Illuminaなどのショートリードシーケンサーのデータからロングリード配列を再現することを可能にすることで注目を集めている。今回のGOクラブでは、この新機種Chromiumが、従来機GemCodeと比較してゲノムDNAシーケシングでも進歩していることを紹介したい。

10X Genomics、単細胞RNAシーケンシングを可能にする新機種Chromiumを発表

　10X Genomicsは、昨年のAdvances in Genome Biology and Technology (AGBT) で、ショートリード配列をロングリード配列に変換する技術と機器に関して衝撃的な発表を行った。さらに、今年のJ.P. Morgan Healthcare Conferenceと今年のAGBTで、単細胞（シングルセル）RNAシーケンシングの新技術と新機種Chromiumを発表した。Chromiumは昨年発売した従来機GemCodeと比較してゲノムDNAシーケシングでも大きく進歩している。今回のGOクラブでは、Chromiumに関して「単細胞RNAシーケンシングの話題」を紹介し、次回のGOクラブで「ゲノムDNAシーケシングの話題」を紹介したい。

Illumina、新しい半導体シーケンサーの開発成功を発表！

　Illuminaは、今年のJ.P. Morgan Healthcare Conferenceで、Fireflyプロジェクトと名付けた「新しい半導体シーケンサー」を開発し、2017年の後半に発売する予定であることを発表した。さらに、Illuminaは、Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) 2016で、この新しい半導体シーケンサーに関してより詳細な情報を発表した。今回のGOクラブでは、Illuminaの新しい半導体シーケンサーの概要と開発経緯を紹介したい。

Illuminaが新会社GRAILを設立：血液ベースのがんゲノム診断事業は激烈な競争へ

　Illumina, Inc. は年初に新製品を発表することが恒例となっているが、今年は新製品Mini-Seqと新しい半導体シーケンサー技術の実用化に加えて、新会社GRAILの設立を発表した。GRAILは、血液中のセルフリーDNA（cell-free DNA）のシーケンシングに基づく「がん早期診断事業」の開始を目指して活動を推進する。今回のGOクラブでは、GRAILの設立を中心に、血液ベースのがんゲノム診断事業の競合状況についてレポートしたい。

Dovetail Genomics、ショートリードシーケンサーのデータから超ロングリード配列を再現

　ショートリードシーケンサーは、置換変異や小さな欠失・挿入変異を高精度に同定することを可能にしたが、ゲノムの大きな構造変化の検出や長いゲノム配列の取得には不向きである。これらの問題を解決する多数の技術の開発が進んでいるが、今回のGOクラブでは、Dovetail Genomics LLC (Dovetail Genomics) が開発した技術を紹介する。

Illuminaの最近の動向：シーケンサーから医療ビジネスへのシフト

　Illuminaは、シーケンサー・ビジネスで独走しているが、その成長も陰りが見え始めた。しかし、Massachusetts Institute of Technology（MIT）が1899年に設立した調査機関であるMIT Technology Reviewが今年6月に発表した"50 Smartest Companies 2015"において、Illuminaは、研究向けシーケンサーの製造販売ビジネスから医療ビジネスへ事業をシフトしていることが評価されて、第３位に選ばれた。今回のGOクラブでは、Illuminaの今年6月以降の「医療ビジネスへのシフト」に関する動向をレポートしたい。

PacBio、大幅に改良した新シーケンサーSequelを発表！

　１分子リアルタイム・ロングリード・シーケンシングで著名なPacific Biosciences of California, Inc. (PacBio) は、現行機種であるPacBio RS IIシステムと比べて、スループットが高く、安価で小型の新機種"Sequelシステム"を今年中に発売することを9月30日付で発表した。今回のGOクラブでは、この話題を紹介する。

個別化医療について考える（２）：次世代シーケンシング時代の個別化医療

　前回のGOクラブでは、一塩基多型をベースとする「個別化医療」について概説し、その実現は困難であったことを紹介した。今回のGOクラブでは、次世代シーケンサーを用いた個人ゲノム解読の進展やＩＴ技術の発展とともに、個別化医療に対する考え方が変化しつつあることを紹介する。

Thermo Fisher Scientific、新しいIon Torrentシーケンサー"Ion S5"を発表

　半導体シーケンサーを開発したIon Torrent Systems Inc (Ion Torrent) を、Life Technologiesが買収したが、2014年2月にはLife TechnologiesがThermo Fisher Scientific Inc. (Thermo Fisher Scientific) に買収された。このため、現在ではThermo Fisher Scientificの傘下で、Ion Torrentシーケンサーの開発・製造・販売が行われている。Thermo Fisher Scientificは、新しいIon Torrentシーケンサー"Ion S5"の発売を9月1日に発表した。今回のGOクラブでは、この話題を取り上げたい。

Complete Genomicsが新シーケンシングシステムを発表

　米国の次世代シーケンシング（NGS）技術開発ベンチャーであるComplete Genomics, Inc. (Complete Genomics) は、European Human Genetics Conference 2015（今年6月6日～9日、英国グラスゴー市で開催）で新しいNGSシステム“Revolocity”を展示・公開した。Revolocityは、サンプル調製からシーケンシング・データ解析まで全自動で実施できるシステムであり、Illumina HiSeq X Tenに対抗できる性能を有する。今回のGOクラブでは、Complete GenomicsのRevolocityを紹介する。

GenapSys、ついにシーケンサーの試用開始を発表！

 　次世代シーケンサー開発ベンチャーであるGenapSys, Inc. (GenapSys) が、半導体チップを用いた小型ポータブル次世代シーケンサーである“GENIUS System”のアーリーアクセスを開始すると自社ホームページ上で発表した。今回のGOクラブでは、この話題を取り上げる。

Oxford Nanoporeの革新的ビジネスモデル（後編）

　前回のGOクラブでは、Oxford Nanopore Technologies（Oxford Nanopore）のビジネスに関して、次世代シーケンサーの利用形態などに革新性があり、次世代シーケンサー産業はコンピューター産業と類似性があることを言及した。サンプル調製法や機器開発上の課題解決法についても革新性が認められるので、今回のGOクラブでは、その内容について論じてみたい。

Oxford Nanoporeの革新的ビジネスモデル（前編）

　Oxford Nanopore Technologies（Oxford Nanopore）のシーケンシングデバイスMinIONは、１年前に登場した時点ではシーケンシング精度が悪く、期待に反したものであったが、その後急速に進化している。つい最近Oxford Nanoporeは、ロンドンでユーザー向けのミーティング“London Calling”を開催した。このミーティングの情報によれば、機器だけでなく、ビジネスモデルにも革新性が感じられる。GOクラブでは、その革新性について前編と後編の2回に渡って論じてみたい。

10X Genomics、衝撃的デビュー：ショートリード・シーケンサーをグレードアップ！

　今年2月25～28日に米国Florida州Marco Islandで開催された“Advances in Genome Biology and Technology Meeting（AGBT） 2015”では、新しい次世代シーケンサーの開発に関して、特筆すべき新技術の発表はなかった。一方で、「Illuminaシーケンサーなどによって得られるショートリードを合成的にロングリードに変える画期的技術」を開発したというベンチャー企業、“10X Genomics”の発表は大きなトピックスであった。同社は、この技術を商品化した機器の販売も行うとしている。今回のGOクラブでは、この10X Genomicsの新技術の話題を提供したい。

次世代シーケンシングを核とする次世代の医療・診断ビジネス

　F. Hoffmann-La Roche, Ltd. （Roche） は世界的に著名な製薬・ヘルスケア企業であるが、Rocheが次世代シーケンシング （NGS）に関わるベンチャー企業を次々と買収している。今回のGOクラブでは、このRocheによる企業買収を事例として、「NGSを核とする医療・診断ビジネス」について考察したい。

バイオデジタル革命を先導するlllumina

　バイオデジタル革命を牽引する「核」は、やはり次世代シーケンシング（NGS）技術であろう。現在、このNGS技術を利用してビジネスをリードするのはIllumina, Inc. （Illumina）であり、同社は昨年MIT Technology Reviewが発表した50 Smartest companiesの第１位に選ばれた。今回のGOクラブでは、この話題とIlluminaによる恒例の年初の新製品発表を合わせて、Illuminaのビジネスについてレポートする。

主な次世代シーケンサーの原理・特徴と市販・開発状況（2015年版）

　GOクラブでは、2012年、2013年と年末に次世代シーケンサーの分類および各機種の状況について紹介してきた。今回の記事では、昨年に引き続き、2014年末時点での主な第２世代、第３世代（第４世代と呼ばれるものも含める）シーケンサーの原理・特徴ならびに市販・開発状況に関してまとめたので、紹介する。

Helicosの次世代シーケンサーが復活：SeqLLがサービスを開始

　世界で最初にDNA/RNAの1分子シーケンシングを実用化したHelicos Biosciences Corporation (Helicos) は、NASDAQに上場を果たした後、2012年11月に破産により活動を終えた。しかし、最近SeqLL, LLC (SeqLL) がHelicosの資産を承継し、受託シーケンシングサービス事業を開始することをアナウンスした。今回のGOクラブでは、Helicosの次世代シーケンシング（NGS）技術とSeqLLの事業を紹介する。