GnuBIOの次世代シーケンサー開発、大きく進展

　GOクラブでは、2010年6月に、新しい次世代シーケンサー開発ベンチャー“GnuBIO”を紹介し、GnuBIOはヒトゲノム配列を30ドルのコストで決定することを売りにしていることを述べた。GnuBIOは、2011年4月6日に次世代シーケンサー開発の進展に関するプレスリリースを行った。その発表内容から、GnuBIOのシーケンサーが想定外の優れた性能を有する可能性があるので、今回のGOクラブで紹介する。

Oxford Nanoporeのシーケンシング技術開発の最新の動向

Oxford Nanopore Technologies（以下、Oxford Nanoporeと略す）は、alpha-hemolysinタンパク質を利用したナノポアシーケンシング技術の開発で著名なベンチャー企業であるが、シーケンサーの開発の進展に関してはベールに包まれたままであった。Oxford Nanoporeは、ごく最近シーケンサーのプロトタイプとなる“Oxford Nanopore GridION system”の概要を発表した。このような動きから、Oxford Nanoporeのナノポアシーケンサーのリリースが近づいてきたと思われる。今回のGOクラブでは、Oxford Nanoporeのナノポアシーケンシング技術開発の最近の動向についてまとめる。

de novo Genome Assemblyを支援するOpGenの1分子DNA解析技術

　次世代シーケンサーはDNA/RNAの1次構造解析に対して優れた性能を有する。しかしながら、コンティグのde novo Assemblyに関しては、ほとんどの場合、コンティグが連結できない箇所が出てくるという問題が発生する。今回は、この問題の解決に役立つOpGenの1分子DNA構造解析技術と分析機器Argusを紹介する。

Ion Torrent シーケンサーの新チップ Ion 318 Chipが発表される

　前々回のGOクラブでは、Illuminaが1月11日に「新型シーケンサーMiSeqシステム」を発表し、その発表がLife TechnologiesのIon Torrent PGMシーケンサーとの対抗を意識したものであることを紹介した。今度は、Life Technologiesが2月23日付けで、Ion Torrent PGMシーケンサー用の新しいシーケンシング用半導体チップ“Ion 318 Chip”の概要を発表した。PGMシーケンサーとIon 314 Chipの正式発売が2010年12月14日であった。その後Life Technologiesは1月に入り、新チップ“Ion 316 Chip”の概要を発表した。そしてあまり時間も経っていないのに、「Ion 318 Chipの内容を紹介するとともに、今年9月からEarly Access Userが利用できる予定である。」と発表した。したがって、Illumina MiSeqを意識した発表であると感じられる。今回のGOクラブでは、Ion 318 Chipの概要を紹介し、Illumina MiSeqとの比較について考察する。

次世代シーケンサーの短所を相補するBioNanomatrixの1分子DNA解析技術

　次世代シーケンサーはDNA/RNAの1次構造解析に対して優れた性能を有する。ただし、次世代シーケンサーを用いた場合、Copy Number Variationなどのリピート配列や大きな挿入変異などの解析では精度が落ちる上、コンティグのアセンブリーに関しても問題が発生することが多い。一 方、BioNanomatrixやOpGenが開発した1分子DNA構造解析技術は、この次世代シーケンサーの短所を相補する特徴を有する。今回は、 BioNanomatrixの1分子DNA構造解析技術と分析機器nanoAnalyzer 1000を紹介する。

予想外の優れた性能を有するIlluminaの新シーケンサーMiSeq

　第2世代シーケンサーは、ライブラリー調製とDNA増幅に時間がかかる上、DNAの逐次的合成を行うためにシーケンシング時間の短縮も困難であると考えられてきた。Illuminaは、2011年1月11日に、この常識を覆す新しい第2世代シーケンサーであるMiSeqシステムを近々発売することを発表した。MiSeqのシーケンシング時間は、Illuminaの従来機と比べると、概ね10分の1になり、ライブラリー調製からデータ分析までの時間は最短で8時間となる。今回は、この想定外の優れた性能を有するMiSeqを紹介する。

次世代シーケンサーを活用した大規模DNA合成技術"Megacloning"

トンネル電極を持つナノポア・シーケンシング技術、将来ヒトゲノムを数分で解読できるか