Illuminaシーケンサーの最近の動向

　今年1月23日付のGOクラブで、Moleculo買収によるロングリード技術の導入やリード長300 bpの達成など、Illuminaシーケンサーに関する最新のニュース・話題を提供した。今回のGOクラブでは、これら発表内容の製品やサービスへの反映を含めて、その後のIlluminaシーケンサーの動向についてまとめる。

Oxford Nanopore、ナノポアシーケンサーの早期利用プログラムを発表

　多くの研究者が待ち焦がれていたOxford Nanopore Technologies（Oxford Nanopore）のナノポアシーケンサーである“MinIONデバイス”が、早期利用プログラム（MinIONアクセスプログラム；MAP）として使用可能となることが発表された。このMAPについては今年11月末から登録が開始されるが、登録済ユーザの中からOxford Nanoporeが認めたユーザに対してMinIONデバイス配布され、シーケンシング実験を行うことができるようになる。今回のGOクラブでは、このMAPとMinIONデバイスの性能などについてレポートする。

血中をめぐる癌DNAの次世代シーケンシング解析

　今年の9月13日付けと10月11日付けのGOクラブで、妊婦の血液中に胎児由来の遊離DNAが存在し、そのDNAを次世代シーケンシング（NGS）を用いて解析することにより、胎児の遺伝的罹患に関する診断が可能であることを紹介した。一方、体内に癌が発生すると、癌組織から血液中にDNAが漏れ出る現象が発見され、その癌組織由来DNA（癌DNA）に基づいた。

次世代シーケンサーによ「次世代」を解析する

　前々回のGOクラブで、日本でも開始された「次世代シーケンシング（NGS）に基づく新型出生前診断」の話題を紹介した。また、米国NIHによる「NGSによる新生児遺伝性疾患のゲノム診断」の研究プログラムの開始や「NGS解析により選別した受精卵からのベビーの誕生」など、妊娠や出産の分野におけるNGS利用に関するニュースをよく見聞きする。今回のGOクラブでは、我々の「次の世代」すなわち受精卵から新生児までの領域におけるNGSに関する話題をまとめる。

携帯電話カメラチップと白色LEDを使って次世代シーケンシングが可能に！

　2013年9月6日付で、米国国立ヒトゲノム研究所が、次世代シーケンシング技術開発の研究グラントである“Advanced Sequencing Technology Awards 2013”を８つの研究チームに供与することを発表した。今回の特色としては、８チーム中５チームがナノポアシーケンサーの開発に関わるものであることが挙げられる。また、画期的な新技術として、携帯電話カメラチップと白色LEDを用いた次世代シーケンサーの開発も選ばれた。今回のGOクラブでは、研究グラントに採択された技術の概要をまとめる。

新型出生前診断と次世代シーケンシング

　日本で今年4月初めから開始した「新型出生前診断」の3ヵ月間の実施結果が7月17日に公表された。この「新型出生前診断」が次世代シーケンサーを用いた分析法であることが意外と知られていない。今回のGOクラブでは、次世代シーケンシング（NGS）の出生前診断への応用についてまとめてみたい。

電子顕微鏡シーケンサー開発、一進一退

　前回のGOクラブでは、ナノポアシーケンサー開発企業の最近の動向を紹介した。電子顕微鏡を用いた次世代DNAシーケンサー（電子顕微鏡シーケンサー）の開発に目を向けてみると、Halcyon Molecular, Inc.とテラベース株式会社がシーケンサーの開発を断念した。一方で、ZS Genetcis, Inc.はシーケンサーの開発を加速化させている。今回のGOクラブでは、電子顕微鏡シーケンサー開発の動向について紹介しようと思う。

ナノポアシーケンサー開発、一進一退

　2012年のAGBT (Advances in Genome Biology and Technology) コンファレンスで、Oxford Nanopore Technologies Ltd. (Oxford Nanopore) が、ナノポアシーケンサーの開発に成功し、2012年末までにナノポアシーケンサーを発売することを発表した。しかし、2013年8月初旬時点で、ナノポアシーケンサーの発売に関する正式発表は行われていない。インターネット上の情報によると、 製品の安定性などに問題があったようである。一方で、日立ハイテクノロジーズ（日立ハイテク）と英国ベンチャー企業“Base4 Innovation Ltd.”がナノポアシーケンサー開発の提携を発表するなど、新しい動きがある。今回のGOクラブでは、これまで紹介していない企業を中心に、ナノポアシーケンサー開発企業の最近の動向をまとめてみたい。