Ｔ細胞・Ｂ細胞受容体シーケンシングビジネスの勃興（中編）

　次世代シーケンサーを用いてＴ細胞受容体（TCR）とＢ細胞受容体（BCR）の遺伝子を網羅的にシーケンシングするベンチャー企業の紹介を３回に分けて特集することにし、前回はSequenta, Inc.（Sequenta）の事業・技術を紹介した。今回は、Sequentaと類似のビジネスモデルを持つAdaptive Biotechnologies Corporation (Adaptive) の事業と技術を紹介し、Sequentaと比較してみたい。

Ｔ細胞・Ｂ細胞受容体シーケンシングビジネスの勃興（前編）

　次世代シーケンサーの進歩によりシーケンシング価格が極端に安価になったことから、多様なビジネスが勃興しつつある。次世代シーケンサーを用いてＴ細胞受容体（TCR）とＢ細胞受容体（BCR）の遺伝子を網羅的にシーケンシングするベンチャー企業が米国で多数設立されているので、これらベンチャー企業を３回に分けて紹介しようと思う。今回のGOクラブでは、Sequenta, Inc.（Sequenta）の技術と事業を紹介する。

PicoSeqの１分子メカニカル同定・シーケンシング技術

　PicoSeqの１分子DNA分析技術については、2013年3月11日のGOクラブでその概要を紹介した。今回のGOクラブでは、Nature Methods誌の2012年3月号に発表された内容をもとに、PicoSeqの１分子メカニカル同定・シーケンシング技術について紹介し、この技術の実用性について考察してみたい。

ナノポアセンサーを用いたタンパク質分析の進展

　最近、Univ. of California, Santa CruzのAkesonらのグループが、Unfoldaseの一種である大腸菌ClpXタンパクを分子モーターとして、タンパク質の高次構造を解きほぐしながら、そのタンパク質をナノポアを通過させることによりセンシングする技術を発表した。今回のGOクラブでは、この技術内容を概説するとともに、ナノポアセンサーを用いたタンパク質分析の進展についてまとめてみたい。

イリノイ大学のグループが開発を進めるナノポアセンシング技術

　Oxford Nanopore Technologiesは、今年１月８日に、イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校（UIUC）、ブラウン大学、スタンフォード大学、ボストン大学、ケンブリッジ大学、サウザンプトン大学などの教育研究機関に対して、Oxford Nanopore Technologiesが保有するナノポアセンシング技術の特許実施権をライセンスすることを発表した。今回のGOクラブでは、これらの中で、UIUC・Bashir教授のグループが開発を進めるソリッドステート・ナノポアセンシング技術について紹介したい。

ヒト１細胞からの全ゲノムシーケンシングの新技術

　GOクラブでは、これまでに複数回に渡って「１細胞レベルでの全ゲノム解析の意義」を紹介した。ヒト１細胞からの全ゲノムシーケンシングも可能になったが、１細胞ゲノムシーケンシング法は、ゲノム全域に渡って不均一さが生じる点、決定された配列のカバー率が悪い点、そして配列決定エラー率も比較的大きい点などが問題であった。ハーバード大学のXie教授らは、これらの問題点を改善するために、１細胞からの全ゲノムDNAの増幅技術であるMALBAC法を開発し、昨年論文発表するとともに、今年のAdvances in Genome Biology and Technology Meetingでも発表を行った。今回のGOクラブでは、MALBAC法について紹介する。

PacBio RSシーケンサーに関する最近の動向

　前回のGOクラブでは、“Advances in Genome Biology and Technology Meeting (AGBT2013)”における新しい次世代シーケンシング技術に関する発表・展示を中心に話題を提供したが、Pacific Biosciences（PacBio）のRSシーケンサーに関しては、RSシーケンサーのロングリードの特徴を生かした研究成果の発表は多かった。今回のGOクラブでは、 AGBT2013でのCold Spring Harbor LaboratoryのAntoniou博士の発表を中心に、PacBio RSシーケンサーに関する最近の動向をまとめて紹介する。

NGSの世界最大イベント“AGBT”での次世代シーケンサーに関する話題

　毎年次世代シーケンシング（NGS）に関する最新の技術が発表される“Advances in Genome Biology and Technology Meeting (AGBT2013)”が、今年は2月20～23日の４日間に渡って、例年と同じくフロリダ州Marco Islandで開催された。AGBT2013では、昨年注目を集めたOxford Nanoporeのナノポアシーケンサーについては全く発表がなく、話題の中心はNGSの医療領域への応用であった。今回のGOクラブでは、AGBT2013での新しいNGS技術に関する発表・展示を中心に話題を提供したい。