Complete Genomicsの次世代シーケンシング技術とは

　Complete Genomicsは、次世代シーケンサー開発企業としては珍しく、開発したシーケンサーは販売せずに、自社のみに設置し、個人ゲノム 配列決定＆解析の受託サービスに特化したベンチャー企業である。2010年11月にNASDAQに上場した後、今年の第１四半期は売上も伸び、順調に株価 が上がった。ところが、8月3日に第2四半期の業績を発表したところ、受注は順調に増えているにもかからわず、株価が暴落してしまった(6月の株価は$17で、今回$15から$7.6に下がった)。今回は、Complete Genomicsの次世代シーケンシング技術を紹介するとともに、株価暴落の背景について考察してみたい。

Pac Bio RSシーケンサーの優位性が大腸菌O104のゲノム解析で証明される

　Pacific Biosciences (以下、PacBioと略す) は、今年4月27日に、1分子リアルタイムシーケンサーであるPacBio RSシーケンサーの正式発売を発表した。第2四半期はEarly Access Customersへのアップグレードを含めて、計16ユーザーに対してRSシーケンサーが出荷された。これまでは、生データレベルでの精度が低く、かつリード長も1,000 bpを越える程度であったが、最近精度やリード長も改善された新しいChemistry C2が開発された。また、そのChemistry C2を利用して、ドイツなどで感染が流行した腸管出血性大腸菌O104 (C227-11株) のゲノム配列を決定した論文が、7月27日付けのNew England J. of Medicineに発表された。Chemistry C2は第4四半期に発売される予定であるが、この論文で開示されたデータをもとに、PacBio RSシーケンサーとChemistry C2の性能を紹介したい。

実用化に向かうLaserGenの第2世代シーケンサー

　第2世代シーケンシング技術の開発を行っているLaserGenが、最近ホームページを一新し、シリーズA増資も進めていることから、シーケンシング技術の実用化に向かうと思われる。このたび、LaserGenは7月11日付のプレスリリースで、精密機器メーカーのNational Instrumentsと組んで、シーケンサーの開発を行うことを発表した。このような流れから、LaserGenの技術が利用できる可能性も高くなったと感じる。今回のGOクラブでは、このLaserGenの次世代シーケンシング技術を紹介する。

454 FLXシーケンサーのロング・リード・アップグレード、正式発表される

　かなり前から、Roche 454 GS FLXシーケンサーで最大1,000 bp/リード読めるアップグレードが可能になることが話題になっていたが、ついに、454 Life Sciencesは、6月28日付けで、このロング・リード・アップグレードを正式に発表した。既存の機種もオンサイトでアップグレードできるほか、アップグレード機種であるGS FLX+ システムも発売された。サンガーシーケンシングに匹敵するリード長とリード精度を達成できるGS FLX+ システムは、他の次世代シーケンサーとは一線を画する魅力があり、今回のGOクラブで取り上げる。

NobleGenのナノポアシーケンシング技術、開発進む

　GOクラブでは、約1年前に、NobleGen Biosciences (NobleGen) が開発を進めているソリッドステート・ナノポアシーケンシング技術を紹介した。その後、NobleGenは、2010年9月に米国国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）の次世代シーケンシング技術開発グラントである“Advanced Sequencing Technology Awards 2010” に当選し、4,160,000ドルの研究資金を得た。この1年の間にNobleGenのシーケンシング技術（Optipore Sequencingと名付けられた）の開発が進展し、ナノポアシーケンサー開発において、Oxford Nanopore、NABsysに次いで、シーケンサー上市に近いポジションにいると推測される。今回は、NobleGen のOptipore Sequencing技術開発の進捗について紹介する。

Illumina シーケンシングキットv3発売 - 1ランで600 Gbを達成

　Illuminaは、今年5月に、HiSeq2000などのIllumina次世代シーケンサー用のシーケンシング試薬TruSeq v3キットの発売を正式に発表した。本キットをHiSeq2000シーケンサーで用いると、1ランあたり最大600 Gbの塩基配列データが得られる。出力の点では、対抗馬であるSOLiDシーケンサーを大きく引き離すことになる。当社は、Beckman Coulter Genomicsと提携して、HiSeq2000シーケンサーを用いたシーケンシングサービスを提供しているが、このHiSeq2000を用いると、1ランで計算上5、6人分のヒト全ゲノム配列（1人あたり30倍の冗長度のゲノム配列を決定した場合）が得られることになる。今回は、この格段と性能が向上したシーケンシング試薬TruSeq v3キットについて紹介する。

診断用DNAシーケンサーの現況

　今年5月10日に、ライフテクノロジーズジャパン株式会社が、Applied BiosystemsのキャピラリーDNAシーケンサー（第１世代シーケンサー）である3500 Dxを体外用診断機器として発売することをプレスリリースした。わが国でも、シーケンサーを利用した診断の幕開けとなったといえる出来事である。今回は、この3500 Dx に加えて、診断用シーケンサーとしての利用を目指している次世代シーケンサーについても紹介する。

Intelligent Bio-SystemsがMax-Seqシーケンサーをリリース

　Intelligent Bio-Systemsの次世代シーケンサーが、最近Azco Biotech, Inc.から利用可能になったことがわかった。その宣伝記事が、Intelligent Bio-SystemsとAzco Biotech, Inc.の両方のホームページに出ている。プレスリリースはないので、正式発売でなく、利用可能になったという段階のようである。これまでは、“PinPoint Sequencer”という名称で開発が進められてきたが、“Max-Seq Genome Sequencer”という名前でリリースされた。今回は、このシーケンサーの概要について紹介する。