次世代シーケンサーとは、Sanger シーケンシング法を利用した蛍光キャピラリーシーケンサーである「第1世代シーケンサー」と対比させて使われている用語である。米国を中心に50機関（チーム）以上のベンチャー企業や研究組織がしのぎを削って、次世代シーケンシング技術の開発を行った結果、多様な機器や技術が誕生した。これらの機器や技術の特徴を比較するために、次世代シーケンサー、次々世代シーケンサーなど、分類しようという試みがなされている。GOクラブでは、次世代シーケンサーを第２世代、第３世代、第４世代の３つに分類してきたが、以前にも言及したように、今回の改訂版では、第３世代と第４世代を合体させて「第３世代」に分類することにする。
第２世代シーケンシング技術
逐次DNA合成・光検出法を用いた超並列シーケンシング DNAポリメラーゼまたはDNAリガーゼによる逐次的DNA合成法を用いて、蛍光・発光など光検出により、超並列的に塩基配列を決定する技術をもとにしたシーケンサーを「第２世代シーケンサー」と呼ぶ。DNA増幅を含めたサンプル調製コストがかかり、ならびに光検出を行うために特殊な試薬や検出器を必要とすることから、コストが高くなりがちであるが、技術の進歩により、年々性能向上とコストダウンが図られている。
| 開発企業／研究機関 （★：シーケンサー発売済） | 原理 |
| Roche-454 （★) | DNAポリメラーゼによる合成 |
| Illumina （★） | DNAポリメラーゼによる合成 |
| QIAGEN-Intelligent Bio-Systems （★） | DNAポリメラーゼによる合成 |
| LaserGen | DNAポリメラーゼによる合成 |
| Lightspeed Genomics | DNAポリメラーゼによる合成 |
| Helicos Biosciences （★：破産） | DNAポリメラーゼによる合成（１分子シーケンシング） |
| Life Technologies (SOLiD) （★） | DNAリガーゼによる合成 |
| Complete Genomics （★受託解析のみ） | DNAリガーゼによる合成 |
| Danaher Motion Polonator （★） | DNAリガーゼによる合成 |
| GnuBIO | ハイブリダイゼーション／DNA合成 |
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第３世代シーケンシング技術
１分子リアルタイム・シーケンシング
第３世代シーケンシング技術としては、まず DNA1分子を鋳型としてDNAポリメラーゼによりDNA合成を行い、1塩基ごとの反応を蛍光・発光などの光で検出することにより、リアルタイムで塩基配列を決定するシーケンシング技術が挙げられる。この方法は、分子のDNAを鋳型としてDNAポリメラーゼの合成速度で塩基配列を読むために、単位時間当たりの配列決定量も大きく、コストダウンにつながることが期待されている。
Post-light シーケンシング ナノポアを用いる方法、または蛍光・発光など光検出以外の検出方法により、超並列的に塩基配列を決定する技術が多数開発されている。光検出を行わない場合には、試薬代が安価になり、かつ光検出器が必要なくなり、機器も安価になることが期待されている。またDNAサンプル調製もより簡便になると思われる。なお、ナノポア・シーケンシング法の中には、蛍光検出を用いる技術もある。
なお、以前にリストアップした技術の中で、開発を中止した、または開発を中断したと思われる技術については、今回の分類には含めないことにする。
開発企業／研究機関
（★：シーケンサー発売済） |
原理
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| タイプ | 分析対象DNA | 検出方法 |
| Pacific Biosciences （★） | リアルタイムDNA合成 | １分子 | 蛍光 |
| Life Technologies/Ion Torrent Systems （★） | 逐次DNA合成 | 増幅DNA | 水素イオン |
| GenapSys | 逐次DNA合成 | 増幅DNA | 温度上昇／水素イオン |
| Oxoford Nanopore Technologies | タンパク・ナノポア | １分子 | 電流変化 |
| Genia | タンパク・ナノポア | １分子 | 電流変化 |
| Electronic Bio Sciences | タンパク・ナノポア | １分子 | 電流変化 |
| Quantapore | タンパク・ナノポア | １分子 | Quantum dot／蛍光 |
| NABsys | ソリッドステート・ナノポア | １分子 | 電流変化 |
| IBM | ソリッドステート・ナノポア | １分子 | 電流変化 |
| NobleGen Biosciences | ソリッドステート・ナノポア | １分子 | 蛍光 |
| Stratos Genomics | ソリッドステート・ナノポア | １分子 | 蛍光 |
| Shepard, Kenneth L (Columbia Univ.) | ソリッドステート・ナノポアまたはタンパク・ナノポア | １分子 | 電気化学的検出 |
| Golovchenko, Jene A. (Harvard Univ.) | グラフェン・ナノポア | １分子 | 電流変化 |
| Intel, Univ. Twente, Columbia Univ., Pacific Biosciences | リアルタイムDNA合成 | １分子 | 塩基タグの電気的検出 |
| Genia-Jingyue, Ju (Columbia Univ.) | タンパク・ナノポア／リアルタイムDNA合成 | １分子 | 塩基タグの電気的検出 |
| Soperら（Louisiana State Univ.） | DNA合成／エキソヌクレアーゼ＋ナノセンサー | １分子 | モノヌクレオチド検出 |
| Lindsayら（Arizona State Univ.） | トンネル電極 | １分子 | 電流変化 |
| Edelら（Imperial College London） | トンネル電極 | １分子 | 電流変化 |
| 川合ら（大阪大学） | トンネル電極 | １分子 | 電流変化 |
| Caerus Molecular Diagnostics | DNA合成 | １分子？ | DNA電荷変化 |
| QuantuMDx | Nanowire | １分子 | 不明 |
| Halcyon Molecular | 電子顕微鏡 | １分子 | 重金属ラベル |
| Electron Optica | 電子顕微鏡 | １分子 | DNAの直接観察 |
| ZS genetics | 電子顕微鏡 | １分子 | 重金属ラベル |
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これまでＧＯクラブで紹介した「次世代シーケンサーの分類」