GnuBIOシーケンサーβ版、2012年第２四半期にリリースか

　GnuBIO が2011年12月14日付で「来年第２四半期の上市を目指して、Microfluidics-based sequencer β版の組み立てを開始した。」と発表した。このGnuBIO のシーケンサーについては、GOクラブで、2010年06月11日号と2011年04月26日号の２回に渡って紹介したが、非常に期待できるシーケンサーである。GnuBIO は、シーケンシング技術とシーケンサーの詳細を公表していないが、今回のGOクラブでは、「これまでのニュースリリースの内容」と「米国出願特許20110267457 (2011年6月29日公開)」をもとに、GnuBIO の技術を推定してみたい。

Ion PGMとIllumina MiSeqシーケンサーのPaired-EndとMate-Pair Sequencing

　Illumina MiSeqシーケンサー(MiSeq)の日本での出荷も始まり、いよいよIon Torrent PGM シーケンサー(PGM)との競争もデッドヒートしそうである。Illuminaのウェブサイトでは、MiSeqの方がPGMよりはるかに配列決定精度（Quality Value; QV）が優れているというデータを発表している。QVについてIlluminaはPredicted QVを使って比較しているが、PGMの場合、このQVが低く出るという特徴を持っている。PGMの精度が急速に向上している点、またEmpirical (経験的)QVでの比較を考慮すると、両者の配列決定精度については実用上は大差ないと思われる。GOクラブでは、両者の比較を過去に行っているが、Ion Torrentの318 Chipが登場する頃には、両者のパフォーマンスは同等となると予想される。
さて、今回のGOクラブでは、Ion Torrent PGMシーケンサーで、Paired-End SequencingとMate-Pair Sequencingが可能になったことが発表されたので、MiSeqの方法と比較しながら紹介したい。